Кошки могут мирно сосуществовать даже с животными, которые в природе являются их жертвами. Так, если к котёнку в возрасте нескольких недель принести мышь, они могут на долгое время сохранять дружеские отношения, однако всегда существует опасность, что во время совместных игр может сработать охотничий инстинкт. Крайне редко куры на деревенском дворе становятся их жертвами.

Трудные взаимоотношения кошек и собак обусловлены охотничьими инстинктами: каждый пёс видит в убегающей кошке объект преследования и гонит её до тех пор, пока та не забирается на дерево или на забор. Очень часто кошка переходит в наступление и может ошеломить и обратить преследователя в бегство. Однако собаку и кошку можно легко приучить друг к другу.

Из-за малых размеров кошки не представляют опасности для человека, за исключением аллергии или инфекции (иногда бешенства), попадающей через расцарапанную кожу. Из опасных для человека инфекций следует отметить токсоплазмоз, который, хотя обычно протекает довольно легко, приводит к крайне серьёзным последствиям в случае заражения беременной женщины. Беременным следует избегать уборки кошачьих фекалий (основной путь передачи токсоплазмоза от кошек) либо тщательно соблюдать правила гигиены (использовать при уборке перчатки и тщательно мыть руки).

Домашние кошки могут нанести серьёзный вред экосистеме, особенно если кошка была только завезена, а другие виды не успели адаптироваться к их интродукции. В некоторых случаях из-за кошек может вымереть целый биологический вид. Так, в 1894 году кот смотрителя маяка на острове Стефенса у берегов Новой Зеландии в одиночку уничтожил всю популяцию Стефенсовского кустарникового крапивника.